Фамилия Петрухненко отвечает на вопрос «чей ты?» и буквально означает «сын Петруха». В её основе лежит не полное имя Пётр, а его просторечная, обиходная форма — Петрух, которая и закрепилась в родовом прозвище. Само имя Пётр пришло из древнегреческого языка, где petros значит «камень», «скала». Так что, если копать до самого дна, смысловая цепочка тянется от апостола, которого Христос назвал камнем, через народную форму имени к фамилии, закрепившейся за потомками.

Словообразовательная модель здесь типична для украинских и южнорусских фамилий. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках был главным маркером отчества в казацкой среде: он указывал на прямого наследника по мужской линии. Первоначально Петрухненко — это «Петрухов сын», то есть сын человека по прозвищу Петрух. Со временем отчество утратило связь с конкретным отцом и превратилось в наследственную фамилию, которая передавалась уже внукам и правнукам.

Интересно, что форма Петрух — не единственная производная от Петра, которая дала жизнь фамилиям. Рядом стоят Петрухин, Петрушенко, Петрушкевич, Петрухович — все они образованы от разных уменьшительно-ласкательных вариантов одного и того же имени. Но Петрухненко выделяется именно украинским суффиксом -енко, который почти не встречается у великорусских фамилий. Это сразу указывает на географию: корни рода, скорее всего, лежат на Левобережной Украине, в Полтавской, Черниговской или Киевской губерниях, где такие фамилии были особенно распространены.

Само прозвище Петрух могло возникнуть и независимо от церковного календаря. В бытовой речи так могли называть не только человека с именем Пётр, но и того, кто отличался твёрдостью характера, упрямством или надёжностью — качествами, которые народное сознание связывало с камнем. Впрочем, эта версия вторична: подавляющее большинство таких фамилий всё же восходит к крестильному имени, а не к чертам характера.

В письменных источниках фамилия фиксируется с XVIII века, когда на Украине начался массовый переход от отчеств к наследственным фамилиям. В ревизских сказках и исповедных ведомостях того времени Петрухненко встречаются среди казацкой старшины, мещан и зажиточных крестьян. Сословной принадлежности одного общего предка у них нет — фамилия встречалась в разных слоях, что типично для украинских родов, где прозвище отца получали и казаки, и посполитые.

Сегодня фамилия остаётся узнаваемо украинской, хотя после переселений XIX–XX веков её носители разбросаны по всей России, Казахстану и странам дальнего зарубежья. Написание с двумя согласными в середине — Петрухненко, а не Петрушенко — сохраняет ту самую исходную форму имени Петрух, что делает фамилию точным слепком с разговорной речи предков.