Мужское крестильное имя Петр в переводе с древнегреческого означает «камень». В основу фамилии легла производная форма имени — Петруня. Скорее всего, основатель рода Петрунёнковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Петруня, со временем получил фамилию Петрунёнков.