Фамилия Пеженин — одна из тех, где внешняя простота обманчива, а корень может увести в диалектную лексику или прозвище. Разберем её по составу: основа «Пежен» плюс фамильный суффикс -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность («чей?» — сын Пежени). Следовательно, в основе лежало личное прозвище или некалендарное имя Пеженя.

Самая вероятная версия связывает прозвище Пеженя с глаголом «пежить» или прилагательным «пёжий» — в северных и сибирских говорах так называли пестрого, рябого, пятнистого человека или животное. Сравните: «пёжина» — пятно, полоса другого цвета на шерсти. Человек с таким прозвищем мог выделяться веснушками, сединой на темных волосах или просто одеждой из пестрой ткани. Фамилия образована по продуктивной модели: от прозвища на -я (Пеженя) через притяжательное прилагательное. Аналогично возникли, например, фамилии Груздев (от Груздя), Козлов (от Козла) — но с суффиксом -ин для основ на -а/-я.

Менее убедительна гипотеза о связи с топонимом Пежень (гипотетическое название речки или урочища): таких географических названий в центральной России не зафиксировано, а фамилия встречается преимущественно в Вятском регионе и на Урале, где диалектное слово «пежень» могло означать «пень» или «корягу» (по В. Далю, «пеж» — в рязанских говорах «пень», но это локально). В ономастических справочниках фамилия Пеженин не описана подробно, однако по косвенным данным (переписи XIX века) она бытовала среди крестьян Вятской губернии, что косвенно подтверждает её прозвищное происхождение из местного говора.

Итак, ваш предок, скорее всего, получил прозвище Пеженя за пеструю внешность или одежду. Фамилия недворянская, крестьянская, и её география — северо-восток России.