Фамилия Пидеркин — редкий случай, когда исходное слово, от которого она образована, в современном русском языке стало табуированным или приобрело резко негативный оттенок. На деле же в основе фамилии лежит не бранное слово, а вполне нейтральное прозвище или диалектное название.

Разбираем по составу: корень «Пидер-» и типичный русский фамильный суффикс «-кин». Суффикс «-кин» указывает на принадлежность: «чей?» — Пидеркин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Пидера. Такая модель образования фамилий характерна для северных и центральных областей России, где активно использовали притяжательные прилагательные с суффиксом «-ин» (и его вариантом «-кин» после основ на -а, -я).

Само прозвище «Пидера» могло возникнуть от глагола «пидеть» или «пидить». В некоторых русских говорах «пидить» означало «ныть, жаловаться, плакаться» или «пищать». Соответственно, Пидерой называли капризного, плаксивого человека, либо того, кто говорил тонким, писклявым голосом. Другая, менее вероятная версия — связь с диалектным «пидор» в значении «комариный писк» или «тонкий звук», но это уже редкие локальные употребления.

В любом случае, исходное прозвище не имело того значения, которое вкладывается в созвучное слово сегодня. Оно описывало манеру поведения или особенность речи, а не было оскорблением. Фамилия Пидеркин — пример того, как со временем меняется смысловая нагрузка, и то, что было безобидной бытовой характеристикой, сейчас режет слух.

Встречается фамилия крайне редко, в основном в старых переписях населения Вологодской и Архангельской губерний, где диалектная лексика была особенно богата. Носителей фамилии в современной России практически не осталось — многие сменили фамилию в советское время именно из-за неблагозвучия.