Фамилия Пидына — редкий случай, когда её происхождение почти наверняка связано не с личным именем или профессией, а с топографическим прозвищем. В основе лежит украинское или южнорусское слово «пидын» или «подын», которое в диалектах означало «живущий под яром» или «обитатель низины, подножия». «Яр» — это крутой овраг или обрыв, а «пид» (укр. «под») указывало на расположение: человек, чей дом стоял под обрывом, у подошвы возвышенности. Такие прозвища давали по месту жительства или по характерному признаку двора.

Фамилия образована по продуктивной украинской модели: основа «Пидын» + окончание -а, свойственное для фамилий с суффиксом -ин, где -а выполняет роль родового окончания (как у фамилий Ковальчука, Шевченка в косвенных падежах, но здесь застывшая форма). В русском языке окончание -а часто воспринимается как женское, но в украинской традиции фамилии на -а могут быть и мужскими, и женскими. Поэтому Пидына — это не «фамилия женщины», а исходная форма фамилии, которая не склоняется по родам.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и западных областях Украины, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Поволжье. Встречается вариант написания «Пидина» — с буквой «и» вместо «ы», что объясняется диалектным произношением (в некоторых говорах «ы» звучит ближе к «и»). Редкость фамилии и её прозрачная этимология позволяют с высокой долей уверенности говорить, что предки носителей фамилии жили в холмистой или овражной местности, и прозвище «Пидын» закрепилось за ними как родовое имя.

С точки зрения социального статуса, фамилия не указывает на дворянское или казацкое происхождение — это крестьянское или мещанское прозвище, типичное для сельских жителей, чей быт был тесно связан с природными условиями. В документах XVIII–XIX веков такая фамилия могла фиксироваться как «Пидыненко» или «Пидынский», но в народе устоялся более простой вариант без суффикса.