Фамилия Пигоцкий — одна из тех, где географическая привязка перевешивает все остальные версии. Её основа — название населённого пункта. Наиболее вероятный источник — село Пигоц (или Пигоца) на территории современной Украины или Беларуси. В польском и западноукраинском ономастиконе суффикс -цкий (польск. -cki, -dzki) традиционно указывает на дворянское происхождение от топонима: «родом из Пигоца». Такая модель образования массово работала в Речи Посполитой, где шляхта получала фамилии от названий своих поместий.

Корень «пиг-» менее прозрачен. В польском есть слово «piga» — в диалектах так называли определённый сорт груши или, реже, небольшой плод. В украинских говорах «пига» могло быть прозвищем для маленького, юркого человека или ребёнка. Однако привязка к топониму выглядит убедительнее: фамилии на -цкий редко образовывались напрямую от прозвищ, для этого использовали суффиксы -ов, -ин, -ук.

Встречается и вариант написания через «д» — Пигодский, что может быть следствием акающего произношения или описки в документах. В целом, Пигоцкий — фамилия польско-украинского пограничья, с высокой вероятностью указывающая на шляхетское происхождение предков, владевших землёй в местечке с похожим названием. Точную дату появления фамилии установить сложно, но массово такие фамилии фиксируются в актах XVI–XVII веков.