Фамилия Пиксанов — редкий случай, когда её происхождение почти наверняка известно и задокументировано, а не просто реконструировано по модели. В отличие от большинства русских фамилий, образованных от мирских имён или профессий, Пиксанов имеет книжное, искусственное происхождение.

Основа фамилии — слово «пиксан». В диалектах русского языка, особенно северных, так называли писаря, грамотея, а иногда — с иронией — приказного или чиновника. Слово происходит от глагола «пиксать» — писать каракулями, плохим почерком, или просто писать. Это прозвище, данное человеку за его занятие или манеру письма. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «чей?» — Пиксанов, то есть сын или потомок Пиксана.

Однако главное, что отличает эту фамилию, — её связь с духовным сословием. В XVIII-XIX веках семинаристам при поступлении часто меняли фамилии на более благозвучные или «учёные», образованные от латинских, греческих или церковнославянских корней. «Пиксан» — это русифицированная форма латинского слова «pictor» (живописец). Но в бытовой, неучёной среде это латинское заимствование быстро переосмыслили и связали с привычным «пиксать». Так фамилия, задуманная как «живописный» или «художник», на деле закрепилась за человеком, который просто много писал — скорее всего, за семинаристом, переписчиком или дьячком.

Таким образом, Пиксанов — типичная семинарская фамилия, но с двойным дном: благородный латинский корень, который в народе превратился в прозвище писаря. Носители такой фамилии — почти наверняка выходцы из среды духовенства или приказных людей, грамотных по меркам своего времени. Географически фамилия встречается редко, с заметным тяготением к северным и центральным губерниям России, откуда выходило много семинаристов.