Фамилия Пиндюлькин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было ироничным или насмешливым. Разбирать её стоит не с корня, а с суффикса: -ин указывает на принадлежность «чьему-то сыну» или «чьему-то человеку». В русской традиции такие фамилии образовывались от прозвищ на -я, -юля, -юлька. Пиндюлька — это и есть исходное прозвище, а Пиндюлькин — его сын.

Корень «пинд-» в русских говорах имеет два основных значения. Первое — диалектное слово «пиндюк» или «пиндя»: так в некоторых областях (особенно южнорусских и украинских) называли невысокого, тщедушного или суетливого человека, иногда с оттенком пренебрежения. Второе, более прозрачное — звукоподражательное: «пиндюлька» могла означать что-то мелкое, несерьёзное, вроде пустячка или безделицы. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «пиндюлить» — идти мелко, семенить, что тоже отсылает к образу неосновательного, суетного человека.

Скорее всего, фамилия возникла в крестьянской или мещанской среде, где прозвища давались по внешности, повадке или характеру. Пиндюлькиным могли назвать сына человека, которого в деревне дразнили Пиндюлькой — за маленький рост, торопливую походку или привычку соваться не в своё дело. Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что прозвище оканчивалось на «-а» или «-я», что характерно для уменьшительно-пренебрежительных форм.

Географически фамилия редкая и встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, а также на Украине. В дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит о позднем оформлении — скорее всего, в XIX веке, когда многие крестьяне получили фамилии по прозвищам, а не по имени отца. Однокоренные фамилии — Пиндюков, Пиндюрин, Пиндюхин — встречаются чаще, но все они несут ту же сниженную, бытовую окраску.

Спорных версий здесь немного: некоторые любители народной этимологии пытаются связать фамилию с греческим Пиндом (горный массив) или тюркскими корнями, но это натяжка. Прозвище явно русское, диалектное, и никакого благородного или географического подтекста в нём нет. Фамилия Пиндюлькин — честный след деревенского юмора, где меткое слово прилипало к человеку на всю жизнь, а потом и к его потомкам.