Фамилия Пинегина образована от названия северной реки Пинеги. Слово «Пинега» финно-угорское по происхождению и, предположительно, переводится как «лесная (хвойная) местность». Вероятно, основатель рода Пинегиных некоторое время жил неподалёку от этой реки. Из знаменитых людей фамилию Пинегин носит художник, писатель-исследователь Севера, последний профессиональный русский путешественник, именем которого названы остров и мыс на северо-западном побережье Новой Земли Николай Васильевич Пинегин (1883–1940). В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Пинегин, со временем получил фамилию Пинегина.