Фамилия Пинегина напрямую связана с Русским Севером: в её основе лежит название реки Пинеги, правого притока Северной Двины. Человек, первым получивший прозвище Пинегин, скорее всего, жил на берегах этой реки или пришёл оттуда, а его потомки унаследовали это указание на родину предка как фамилию. Такой способ именования по месту жительства — один из древнейших и самых естественных на Руси.

Само слово «Пинега» имеет финно-угорские корни, что неудивительно для топонимики Севера, где задолго до славян жили финно-угорские племена. Наиболее правдоподобное толкование переводит его как «лесная (хвойная) местность». Это согласуется с обликом края: глухая тайга, сосновые боры и суровая природа — именно такую землю осваивали первые поселенцы. Слабая альтернативная версия, выводящая название от личного имени, не выдерживает критики, поскольку река с этим именем известна задолго до появления здесь русского населения.

Фамилия образована по простой и продуктивной модели: к основе «Пинег» добавили притяжательный суффикс «-ин», который указывает на принадлежность роду. Если основа оканчивается на согласный, русский язык чаще использует «-ин», а не «-ов», поэтому форма «Пинегин» закономерна. Изначально это означало «сын Пинеги», то есть выходца с Пинеги.

География фамилии до сих пор хранит память о происхождении: чаще всего Пинегины встречаются в Архангельской области и других северных регионах, хотя со временем расселились по всей стране. В XIX веке фамилия встречалась и в купеческой, и в крестьянской среде, но её северное происхождение не вызывает сомнений.

Самым известным носителем фамилии стал Николай Васильевич Пинегин (1883–1940) — художник, писатель и исследователь Арктики. Он участвовал в экспедициях к Новой Земле, а его именем названы остров и мыс на северо-западном побережье этого архипелага. Для человека с «речной» фамилией это символично: он продолжил движение на Север, начатое его далёкими предками.