Фамилия Пинега звучит не на «-ов», «-ин» или «-ский», а застыла в исходной географической форме. Это типичный случай, когда прозвище или именование по месту жительства перешло в фамилию без дополнительных суффиксов. Основа здесь — река Пинега, левый приток Северной Двины, и одноименный поселок (ныне город) в Архангельской области. Человек, переселившийся оттуда в другую местность, получал прозвание Пинега: «откуда родом? — с Пинеги». Такой способ образования фамилий особенно характерен для русского Севера и Сибири, где переселенцев часто называли по рекам или волостям.

Слово «Пинега» имеет финно-угорское происхождение. По наиболее принятой версии, в основе лежит саамское или карельское слово, означающее «кривая», «извилистая» — река действительно петляет среди тайги. Таким образом, фамилия сохраняет древний топоним, который старше русского населения на этих землях. Встречается она преимущественно на Русском Севере и в регионах, куда уходили северные крестьяне — в Сибири, на Урале, в Санкт-Петербурге. Сословно это почти всегда крестьяне или мещане, реже — купцы, потому что дворянские роды, как правило, оформляли фамилии через суффиксы.

Иногда путают фамилию Пинега с украинской или белорусской фамилией Пинько, Пинчук (от города Пинск), но это разные корни. Ударение в фамилии, как и в названии реки, падает на первый слог: Пи́нега.