Фамилия Пинегин происходит от древнейшей формы славянских фамильных прозвищ, образованных от географического названия местности, выходцем из которой являлся один из предков. Фамилия Пинегин образована от названия северной реки Пинеги. Слово «Пинега» финно-угорское по происхождению и, предположительно, переводится как «лесная (хвойная) местность». Вероятно, основатель рода Пинегиных некоторое время жил неподалёку от этой реки. Из знаменитых людей фамилию Пинегин носит художник, писатель-исследователь Севера, последний профессиональный русский путешественник, именем которого названы остров и мыс на северо-западном побережье Новой Земли Николай Васильевич Пинегин (1883–1940). В результате, потомок человека, обладающего прозвищем Пинега, со временем получил фамилию Пинегин. О точном месте и времени возникновения фамилии Пинегин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Пинегин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.