Фамилия Пинижанинова — редкая и сложная по составу. Если отбросить окончание -а, указывающее на женский род, то в основе лежит мужская фамилия Пинижанинов. Её суффикс -ов ясно говорит, что перед нами типичная русская «отцовская» фамилия: её давали по имени или прозвищу отца. Вопрос в том, что же скрывается за корнем «Пинижан».

Наиболее вероятное объяснение — географическое. Пинижанинов мог означать «выходец из Пинижани» или «потомок человека из Пинижани». Название Пинижаны — это, скорее всего, топоним: так могло называться село, деревня или урочище. Сходство с названиями вроде Пинюг (Кировская область) или Пинега (Архангельская область) намекает на возможную связь с финно-угорским субстратом русского Севера. В таком случае основа происходит от диалектного слова, означающего что-то вроде «маленький», «низкий» или «излучина реки», но точное значение утеряно. Модель образования «топоним + -инов» (с вставным -и-) встречается у фамилий, указывающих на место жительства предка (сравните: Казань → Казанинов, Звенигород → Звенигородов, но здесь суффикс другой).

Есть и вторая, менее убедительная версия — от личного имени. Теоретически можно предположить, что Пинижан — это форма канонического имени Пинна (редкое мужское имя, от греческого «раковина» или «жемчужина»). Однако имя Пинна почти не встречалось в русской традиции, а форма Пинижан звучит как народная переделка, что маловероятно для такого редкого имени. Поэтому географическая версия выглядит куда надёжнее.

Суффикс -инов (а не -ов) в фамилии Пинижанинов — редкая деталь. Обычно суффикс -ин присоединяют к основам на -а/-я (например, Пушка → Пушкин). Здесь же мы видим -инов, что может быть следствием нестандартного склонения исходного прозвища или же особенностью местного говора, где топонимы на -ани склонялись по-особому.

В целом, фамилия Пинижанинова почти наверняка ведёт род из небольшой местности на севере или северо-востоке европейской части России. Предки носителя фамилии были, скорее всего, крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по названию деревни, откуда они переселились. Сведений о дворянском происхождении или известных исторических носителях этой фамилии нет.