Фамилия Пинежанинова — редкий случай, когда географическое прозвище застыло в такой форме, что сразу видно: предок был не просто «откуда-то», а именно «оттуда». Основа здесь прозрачна: Пинега. Так называется река на севере Архангельской области (правый приток Северной Двины) и одноимённый посёлок городского типа — Пинега, бывшее село. Жителей этих мест исстари называли пинежанами (или пинежанами — с ударением на второй слог). От этого этнохоронима и пошла фамилия.

Словообразовательная цепочка короткая: «пинежанин» (житель берегов Пинеги) плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов, который в женском роде даёт окончание -а. То есть Пинежанинова — это буквально «дочь (или жена) Пинежанинова». Мужской вариант — Пинежанинов. Такая модель встречается нечасто, потому что большинство «географических» фамилий образуются проще: от названия города или реки напрямую (Пинегин, Пинежский). А здесь — от названия самих жителей, что подчёркивает общность происхождения целой группы людей.

Суффикс -анин (-янин) в русском языке указывает на принадлежность к местности или общине (рижанин, парижанин, волжанин). В фамилиях он редок: можно вспомнить Ростовцевых (от «ростовец»), но «ростовец» — это тоже житель, а не город. В случае с Пинежаниновым основа не потеряла своего «коллективного» оттенка: предок, скорее всего, был выходцем из Пинежского края, и его прозвали не по конкретному селу или ремеслу, а по целой земле.

Географически фамилия должна быть привязана к Русскому Северу — Архангельской области, бывшей Пинежскому уезду. В метрических книгах XIX — начала XX века её можно встретить среди крестьян и мещан, переселявшихся в города или другие губернии. Дворянских корней у неё, по всей видимости, нет: прозвище по месту жительства — типично крестьянская или посадская традиция.

Интересная деталь: если бы фамилия писалась через «о» — Пинежанинов, — это был бы стандартный вариант. Форма на -ова (женская) в справочниках и базах данных встречается чаще просто потому, что многие носительницы — женщины. Но в целом фамилия остаётся редкой: по переписям и телефонным справочникам её носителей — единицы, и почти все они так или иначе связаны с Архангельской областью или Северо-Западом России.