Фамилия Пинежина — женская форма фамилии Пинежин. Её основа прочитывается не так однозначно, как кажется на первый взгляд, и здесь мы сталкиваемся с редким случаем, когда географическое имя и прозвище могли сойтись в одной точке.

Самый прямой путь — от названия реки Пинеги, левого притока Северной Двины, или от города Пинега (сейчас посёлок в Архангельской области). Жителей этих мест называли пинежанами, а выходца — «пинежанин». В русских говорах фамилии, образованные от названий жителей через суффикс -ин, — обычное дело: Москвин, Тверитин, Пинежин. Такую версию поддерживает и то, что фамилия действительно встречается на Русском Севере, в Архангельской и Вологодской областях. В этом случае Пинежина означает «дочь (или жена) человека с Пинеги».

Однако есть и вторая линия, менее очевидная. В диалектах слово «пинега» или «пинежка» могло означать не только реку, но и нечто маленькое, щуплое, либо, напротив, — упрямого, «кремень-человека». Словарь Даля фиксирует «пинежиться» — капризничать, ломаться. Если фамилия пошла от такого прозвища, то её носитель в XVI–XVII веках был либо привередой, либо, наоборот, человеком крепким, «пинежистым». Суффикс -ин в этом случае типичен для русских фамилий от прозвищ на -а/-я (Пинега → Пинежин).

Спор между версиями решается просто: обе правдоподобны, но географическая — первична и шире. Прозвище могло возникнуть уже на месте, как вторичное — по характеру того самого переселенца с Пинеги. Поэтому для большинства носителей фамилии Пинежина наиболее вероятным предком был северянин, помор или крестьянин из-под Холмогор, чья фамилия закрепилась по месту выхода. Сословно это, скорее всего, государственные крестьяне или посадские люди — дворяне с такой фамилией в истории не зафиксированы.