Фамилия Пипикина — женская форма фамилии Пипикин, и её происхождение стоит искать в прозвище, а не в имени или профессии. Основа «пипик» не встречается в старых документах как личное имя, зато хорошо известна в русских говорах. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «пипика» — так в некоторых областях называли дудку, свирель или вообще любой простой музыкальный инструмент, издающий тонкий звук. Отсюда и прозвище Пипика: его мог получить либо музыкант-самоучка, игравший на дудке, либо человек с высоким, писклявым голосом — «пипикающий».

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище Пипика → Пипикин (чей? — сын или потомок Пипики) → Пипикина (жена или дочь Пипикина). Суффикс -ин указывает на принадлежность, и такие фамилии чаще всего встречались на севере и северо-востоке Руси, где притяжательные формы на -ин были особенно распространены. В центральных и южных регионах чаще использовали -ов/-ев, так что Пипикины — географически тяготеют к Вологодчине, Архангельской области или Вятке.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с тюркским корнем «пип» (господин, начальник), но она плохо объясняет суффикс и не подтверждается ареалом фамилии. Пипикина — фамилия редкая, в списках «100 самых частых русских фамилий» её нет, и это говорит о локальном происхождении: скорее всего, предки жили в одном селе или волости, где прозвище закрепилось за одной семьёй.

Сословная принадлежность неясна, но по модели образования фамилия скорее крестьянская или мещанская — дворянские фамилии на -ин обычно образовывали от полных крестильных имён (Пётр — Петров, но не Пипикин). В метрических книгах XIX века Пипикины встречаются в основном среди государственных крестьян северных губерний. Сегодня носительницы фамилии живут в основном в России, но точная статистика по регионам не опубликована.