Фамилия Пипискина — редкий случай, когда основа прозвища не просто неочевидна, а вызывает вопросы у самого исследователя. Скорее всего, перед нами вариант написания, возникший из-за аканья или диалектного произношения: исходная форма могла звучать как Пепескина. В этом случае корень «пепел» (пепел, зола) даёт прозвище человеку с пепельным цветом волос или бледной кожей. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «дочь (или жена) Пепески». Мужской вариант фамилии — Пипискин (Пепескин).

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным глаголом «пипискать», то есть пищать, издавать тонкий звук. Такое прозвище могли дать человеку с высоким голосом или плаксивому ребёнку. Однако в русской ономастике прозвища от звукоподражаний обычно оформляются через суффикс -к- (Пискун, Пискля), а «Пиписка» звучит как уменьшительное от «пипка» — трубка, дудка, что тоже отсылает к музыкальному инструменту или насмешливому сравнению с ним.

География фамилии крайне узкая: в современных базах она встречается единично, преимущественно в Центральной России и Поволжье. Это говорит о том, что фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, возможно, в одной-двух деревнях. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами: фамилии на -ин в этой среде типичны.

Если отталкиваться от версии с «пеплом», то фамилия Пипискина стоит в одном ряду с более частыми Пепеловыми, Пепеляевыми и Зольниковыми, но отличается редкой фонетической трансформацией. Написание через «и» вместо «е» — результат того, что в XIX веке грамотеи писали «на слух», и буква «и» в безударном положении закрепилась в документах.