Фамилия Пипирина — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не профессия, а звукоподражание или детская речь. В русских фамилиях на -ин, образованных от прозвищ, корень «пипир» почти не встречается в официальных документах, что сразу наводит на мысль о нестандартном происхождении.

Самая вероятная версия — прозвище Пипира, данное человеку за манеру говорить или издавать звуки. В диалектах «пипирить» могло означать «свистеть, пищать, издавать тонкий звук» (ср. с детским «пи-пи»). Такое прозвище мог получить обладатель высокого голоса, любитель насвистывать или даже музыкант, играющий на дудке. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Пипирин, то есть сын или потомок Пипиры.

Менее убедительна, но возможна связь с диалектным словом «пипир» в значении «перец» (от лат. piper). В южнорусских и украинских говорах «пипирь» — народное название стручкового перца. Тогда прозвище могло достаться человеку с острым языком, вспыльчивым характером или, наоборот, торговцу пряностями. Однако для фамилии на -ин более характерны прозвища на -а, -я, так что «перечная» версия слабее.

География фамилии неширокая, встречается в основном в центральных и южных регионах России, что подтверждает её позднее возникновение — скорее всего, в XVIII–XIX веках среди крестьян или мещан. В дворянских родословных книгах таких фамилий нет.

Примечательно, что фамилия Пипирина (женская форма) нередко путается с фамилией Пипирия, но вторая — грузинского происхождения (от «пипири» — бабочка). В русском же контексте Пипирина остаётся примером того, как случайное звучание или детская кличка могут закрепиться в официальном родовом имени.