Фамилия Пирдунов звучит неблагозвучно для современного уха, но её происхождение куда прозаичнее, чем кажется. В её основе лежит древнерусское нецерковное имя или прозвище Пирдун. Оно образовано от глагола «пирдеть» — в старорусских говорах это слово означало «издавать звуки, пукать», без того грубого оттенка, который есть сегодня. Прозвище давали не в обиду, а как бытовую характеристику: либо человеку с особенностями пищеварения, либо, что вероятнее, крикливому младенцу, который много «пердел» — то есть громко и часто пукал. В крестьянской среде такие имена не считались оскорбительными и фиксировались в документах вполне официально.

Фамилия образована по стандартной восточнославянской модели: к основе Пирдун добавили патронимический суффикс -ов, означающий «сын Пирдуна». То есть первый носитель фамилии — потомок человека по прозвищу Пирдун. Судя по окончанию, фамилия русская, а не украинская или белорусская (там было бы Пирдуненко или Пирдунович). Встречается она редко, преимущественно в центральных и северных регионах России, где дольше сохранялись архаичные прозвища.

В ономастике есть параллели: фамилии Пердунов, Пердяев, Пуккин — все из той же «телесной» сферы. Унбегаун в своём «Русском словаре фамилий» относит такие основы к разряду «непристойных» с точки зрения современной нормы, но подчёркивает, что в XVI–XVII веках они были обычными деревенскими прозвищами. Никакого тайного смысла или иноязычного корня у Пирдунова нет: это не тюркское и не финно-угорское заимствование, а исконно русская бытовая кличка, которая со временем закрепилась как фамилия.

Социальный статус первых Пирдуновых — почти наверняка крестьяне или посадские люди. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, в родословных книгах она не встречается. В советское время фамилия могла меняться из-за неблагозвучия, но часть носителей сохранила её, и сейчас Пирдуновы живут по всей России, чаще всего на Урале и в Сибири, куда переселялись крестьяне в XIX веке.