Фамилия Пискуненко образована от прозвища Пискун, в основе которого лежит глагол «пищать». Это прозвище могло закрепиться за взрослым человеком с высоким, тонким голосом — такая черта бросалась в глаза и легко становилась уличным именем. Но у прозвища есть и другая, более конкретная версия: предок обладателя фамилии мог заниматься изготовлением и продажей детских свистулек, которые в народе называли «пищалками». Ремесленник, чей товар постоянно издавал звук, сам получал прозвище по своему делу — Пискун.

Суффикс -енко указывает на украинское происхождение фамилии и типичную для этих земель модель образования: так называли сына, наследника. Первоначально форма Пискуненко означала «сын Пискуна», то есть прямо указывала на отца. Со временем прозвище, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, закрепившись за потомками уже как фамилия.

Интересно, что фамилия сохранила не только прозвищную основу, но и архаичный оттенок: сегодня слово «пискун» почти вышло из живого употребления, а в XVII–XIX веках оно звучало обычно и не несло пренебрежительного оттенка. В славянской ономастике такие «звуковые» прозвища — отдельный пласт: они описывали человека через его голос, манеру говорить или даже через звуки, которые он издавал за работой. В этом смысле Пискуненко стоит в одном ряду с фамилиями вроде Говорков, Шептунов или Крикунов, хотя и отличается от них именно суффиксом, который выдает южнорусские или украинские корни рода.