Фамилия Плонин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд её можно принять за вариант фамилии Плохин или Плохов, но суффикс -ин указывает на другую модель образования. В русской ономастике фамилии на -ин обычно происходят от основ, оканчивающихся на -а или -я (женские прозвища, названия профессий или прилагательные в краткой форме). Основа «Плон» — нестандартна, и здесь начинается самое интересное.

Самый вероятный источник — прозвище Плоня. В русских говорах слово «плоня» имело несколько значений. В тверских и псковских диалектах так называли неуклюжего, неповоротливого человека, увальня. В других областях «плоня» — это тот, кто «плонится», то есть гнётся, клонится, возможно, от слова «плонить» (гнуть, наклонять). Тогда прозвище могло характеризовать сутулого человека или того, кто ходит с опущенной головой. Фамилия Плонин в таком случае означает «сын (или потомок) Плони» — человека, получившего такое прозвище за внешность или манеру поведения.

Менее распространённая, но допустимая версия связывает фамилию с диалектным словом «плона» — так в некоторых регионах называли плот, плоскую лодку или дощатый настил. Если предок занимался переправой, сплавом леса или плотницким делом, его могли прозвать Плона, а потомков записать как Плониных. Эта гипотеза слабее, так как слово «плона» в значении «плот» встречается редко и локально, но полностью её исключать нельзя.

Фамилия Плонин почти не встречается в центральных губерниях России. Основной ареал — северо-запад: Псковская, Новгородская, Тверская области. Именно там диалектная лексика с корнем «плон-» наиболее богата, и именно там фиксируются ранние упоминания крестьян и мещан с такой фамилией. Никаких дворянских родов Плониных в истории нет — это однозначно крестьянская или посадская фамилия, образованная от уличного прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Плонов, Плонский) показывает, что Плонин стоит особняком. Плонов — более поздняя, «книжная» форма, образованная от той же основы, но по модели на -ов. Плонский — типичная фамилия для поляков или украинцев, указывающая на географическое название. Плонин же — чисто русская, диалектная, «северная» фамилия, сохранившая в себе местное словечко, которое уже почти вышло из обихода.