Фамилия Плыгачева — женская форма фамилии Плыгачев, а та, в свою очередь, образована от прозвища Плыгач. Основа — глагол «плыгать», который в южнорусских и украинских говорах означает «прыгать, скакать, пританцовывать». Человек с таким прозвищем, скорее всего, был подвижным, непоседливым, любил танцевать или ходить вприпрыжку. В некоторых диалектах «плыгать» имеет и оттенок «суетиться, торопиться без толку», так что прозвище могло закрепиться за суетливым и быстрым в движениях человеком.

Суффикс -ач в основе типичен для прозвищ, образованных от глаголов (ср. «кричать» → Крикач, «стричь» → Стригач). Он придаёт слову значение деятеля, то есть Плыгач — тот, кто плыгает. Далее к основе добавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность: «сын Плыгача». Форма Плыгачева, соответственно, означает «дочь или жена Плыгачева».

Важно не путать эту фамилию с похожей по звучанию Плегачева или Плюгачева. Плюгавый означает «неказистый, жалкий», а Плыгачев происходит от совершенно другого корня — со значением движения и прыжка. Слово «плыгать» родственно польскому plygać (прыгать) и чешскому plyhat (ковылять), что указывает на древнюю общеславянскую основу.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. Больше всего носителей встречается в Ростовской области, Краснодарском крае и в бывшей Области Войска Донского. Там, где казачий говор сохранил слово «плыгать» в активном употреблении, прозвище и возникло. В северных регионах России эта фамилия редка.

С точки зрения словообразовательной модели — это типичная «прозвищная» фамилия, не связанная с крестильным именем или профессией. Такие фамилии обычно старше дворянских и часто возникали в крестьянской и казачьей среде как меткая характеристика человека по его поведению.