Фамилия Почетаев — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не ремесло, а глагол со значением уважения. Корень здесь — «почита-» от глагола «почитать» (в значении «чтить, уважать»). Суффикс «-ев» указывает на принадлежность: Почетаев — это буквально «сын Почетая». А Почетаем, скорее всего, называли человека, который пользовался особым почётом в общине или, наоборот, был почтительным, вежливым. В русских говорах слово «почетай» могло быть и прозвищем уважаемого старшего, и ироничным именем для льстеца или подхалима (ср. с фамилией Почиталин).

Модель образования проста: усечённая основа глагола (почита- → почета-) плюс суффикс -й, который в древнерусском языке образовывал имена и прозвища (как в случаях «Вставай», «Злодей»). Получилось имя Почета(й), от него — Почетаев. Сравните с однокоренными фамилиями Почитаев, Почетов, Почетин — все они из одного гнезда, но различаются суффиксами. Вариант Почетаев, вероятно, возник в южнорусских или центральных областях, где аканье превращало «о» в «а» в безударном положении, но в написании это закрепилось уже после орфографической реформы.

Фамилия немногочисленная. Встречается в основном в Поволжье и на Урале, что может указывать на позднее закрепление за крестьянами после отмены крепостного права. В дореволюционных переписях Почетаевы не значатся среди дворян или купечества — скорее всего, это фамилия бывших государственных или помещичьих крестьян, получивших её по прозвищу родоначальника. Никакой связи с «почитанием» в религиозном смысле здесь нет: фамилия не духовная, а бытовая.

В ономастических словарях эта фамилия специально не разбирается, но её механизм образования типичен для русских «глагольных» фамилий. Похожая модель работает у фамилий Жихарев (от «жихарь» — бойкий человек), Утешаев (от «утешать»), Бросаев (от «бросать»). Почетаев стоит в этом ряду как пример прозвища, данного за нрав или общественное положение, а не за занятие.