Фамилия Подчайнов — один из тех случаев, когда прозвище закрепилось не за человеком, а за местом его обитания или положением в доме. Корень здесь — «под чайном». В русских говорах «чайном» называли не только чайник, но и место, где пили чай: стол, полку с посудой, а иногда и особый шкафчик для чайной утвари. Соответственно, «подчайнов» — тот, кто сидит или работает под этим местом, то есть находится в самом низу иерархии за столом или в доме.

Такая модель образования фамилии — от предлога «под» и существительного — встречается нечасто. Сравните с однокоренными Подчасов, Подстольников. В отличие от них, Подчайнов имеет явный бытовой оттенок. Скорее всего, прозвище дали младшему члену семьи, подмастерью или слуге, который во время чаепития сидел на краю стола или прислуживал — «под чайном», то есть под рукой у хозяина чайного стола.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Подчайнов — сын Подчайна. Сама основа «Подчайн» как прозвище могла закрепиться за человеком, который вечно оказывался в тени, на подхвате, или за тем, кто жил в доме, где чайный стол считался главным местом, а он сидел «под ним» — то есть на низшей ступени.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где в XIX веке был распространён обычай строгой рассадки за столом по старшинству. Встречается она редко, что подтверждает её прозвищное, а не топонимическое происхождение — не от названия деревни, а от конкретной бытовой ситуации.

Если опираться на работы Б. Унбегауна, такие фамилии он относил к «прозвищам по положению в пространстве». В словарях русских фамилий Подчайнов обычно не упоминается — это редкий случай, когда ономастический материал приходится собирать по крупицам из говоров и архивных записей. Версия о связи с профессией (чаевод, торговец чаем) маловероятна: для этого использовали бы суффикс -ников или -щиков.