Фамилия Подчека — редкий случай, когда географическая привязка важнее разбора корня, потому что корень спорный, а место бытования подсказывает ответ. Основной массив носителей сосредоточен в западных областях России и в Беларуси, особенно в Смоленской и Брянской областях. Эта локализация сразу наводит на мысль о западнорусском или белорусском диалектном слове, а не о книжном или церковном имени.

Словообразовательная модель проста: основа «подчек-» плюс окончание -а, типичное для прозвищ и фамилий в польской и белорусской традиции (ср. Зайка, Будка). Суффикса -ов или -ин здесь нет, значит, фамилия закрепилась в форме чистого прозвища, без патронимического оформления. Самая правдоподобная версия: основа восходит к глаголу «чекать» (или «цякать» в белорусском произношении) — «ждать, выжидать». Тогда «Подчека» — человек, который «поджидает», возможно, подкарауливает. В русских говорах слово «чека» также означало «ожидание, задержка», отсюда «подчека» — тот, кто постоянно медлит или ждёт, или же прозвище сторожа, караульщика.

Менее вероятна, но возможна связь с «чека» как деталью механизма (задвижка, засов). В этом случае «Подчека» — человек, живущий «под чекой», то есть в нижней части села, у запруды или у ворот. Однако диалектная география слова «чека» в значении «запор» шире и не совпадает с ареалом фамилии, поэтому версия с глаголом «ждать» выглядит убедительнее.

Фамилия недворянская, не встречается в родословных книгах и боярских списках. Это крестьянское или мещанское прозвище, которое в XIX веке закрепилось как наследственное имя в нескольких деревнях. Сравнение с однокоренными фамилиями (Чекалин, Чеканов, Подчекалин) показывает, что основа «чека» давала много производных, но форма без суффикса — самая архаичная и редкая. Встречается также вариант написания «Подцёка» (с буквой «ё»), что отражает местное произношение со смягчением.