Фамилия Поддубкин — пример того, как в русской ономастике топонимическое прозвище превратилось в фамилию с помощью не самого частотного суффикса. Основа здесь — «под дубом» или «поддубок», то есть человек, живший под дубом, у дуба, в дубовой роще. Но ключевой элемент — суффикс «-к-», который в фамилиях обычно указывает не на сына (как «-ов/-ев» или «-ин»), а на самого носителя прозвища: Поддубок — это прозвище, а Поддубкин — уже его «сын» или «потомок». Такая модель (основа + -к- + -ин) встречается реже, чем прямой патроним на «-ов», и часто говорит о том, что фамилия сложилась не в центральных, а в северных или поволжских говорах, где уменьшительно-пренебрежительные формы имен и прозвищ были в ходу.

Вероятнее всего, первый Поддубкин получил прозвище по месту жительства: его двор стоял «под дубом» — не обязательно под одним деревом, а в урочище, которое называли Поддубки. В русских деревнях дуб часто служил ориентиром, межевым знаком или местом схода, так что прозвище могло закрепиться за человеком, чья изба стояла у заметного дуба. Менее вероятна, но возможна связь с ремеслом: поддубками называли грибы (поддубовики) или, в некоторых говорах, нижнюю часть дубовой бочки (поддубок), но прозвище по грибу или детали бочки было бы слишком узким и редким.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Поддубный, Поддубов, Поддубецкий — показывает, что Поддубкин стоит особняком. Если Поддубный и Поддубов — типичные «географические» фамилии (от «под дубом» с суффиксами прилагательного или прямого патронима), то «-кин» выдает прозвищное происхождение: человека прозвали Поддубком (возможно, за низкорослость, коренастость или за то, что он «как дуб» стоял на своем), а потомки стали Поддубкиными. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии встречаются в основном среди крестьян и однодворцев южных уездов — Тульской, Орловской, Рязанской губерний, где дубовые леса были распространены, а прозвища по местности — обычное дело.

В словаре Б. Унбегауна фамилия не упоминается как отдельная статья, но модель «-кин» от прозвищ с основой на «-ок» (вроде Козлов — Козлокин, Пупок — Пупкин) он описывает как характерную для восточнославянской антропонимии. Споров вокруг корня нет: все версии сходятся к «дубу», разница лишь в том, что считать исходным — место, предмет или качество человека. Наиболее правдоподобна версия с прозвищем по месту жительства, так как она подтверждается и географией фамилии, и типичностью таких прозвищ для русского крестьянства.