Фамилия Подгорышева — женская форма мужской фамилии Подгорышев, которая образована от прозвища или географического названия. Основа здесь — «под горой» или «подгорыш», то есть человек, живущий у подножия горы или холма. В русской ономастике это типичная «топографическая» фамилия: она указывала на место жительства предка, как, например, Подгорный, Подгорецкий или Загорский.

Модель образования фамилии — суффикс -ев, который присоединяется к основе на мягкий согласный или -й. В данном случае исходная форма — Подгорыш (или Подгорышев как вариант отчества). Суффикс -ыш в русских прозвищах часто придаёт уменьшительно-ласкательный или ироничный оттенок: «тот, кто живёт под горой» — этакий «горный сосед». Сравните с фамилиями Малышев (от «малыш») или Голышев (от «голыш»).

Географически фамилия Подгорышев встречается в основном в регионах с пересечённым рельефом: на Урале, в Прикамье, в Западной Сибири. В дореволюционных переписях она фиксировалась в Пермской и Вятской губерниях. Это подсказывает, что предки носителей фамилии могли быть крестьянами или работниками горных заводов, селившимися в долинах у подножия Уральских гор.

Есть и другая, менее вероятная версия — от неканонического имени Подгор, которое могло быть прозвищем человека, родившегося или жившего в «подгорье». Но в русской антропонимии такие имена не зафиксированы, поэтому версия с прозвищем по месту жительства надёжнее.

В написании фамилии обращает на себя внимание буква «ы»: Подгорышева, а не Подгоришева. Это указывает на твёрдое произношение корня в диалекте — «под горы», то есть «со стороны горы». В современном литературном языке форма «под горою» мягче, но в фамилии сохранилась архаичная твёрдая огласовка, характерная для севернорусских и уральских говоров.