Фамилия Подлипьян — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. В основе лежит не имя и не ремесло, а топоним: липа и всё, что с ней связано. Корень «лип» указывает на липовый лес, липовую рощу. Приставка «под-» в русских фамилиях и названиях поселений традиционно означает «находящийся ниже, рядом, у подножия». Таким образом, Подлипьян — это человек, живший «под липами», то есть у липовой рощи или в селении с названием Подлипье, Подлипки, Подлипа.

Сама фамилия образована по продуктивной, но не самой частотной модели: к основе «Подлипь-» (от названия места) добавили суффикс «-ян». Этот суффикс характерен для восточнославянских, особенно украинских и южнорусских фамилий (сравните: Полян, Селян, Литвин). В русском языке он часто указывает на принадлежность к местности или народу. Поэтому Подлипьян — это не просто «житель Подлипья», а скорее «выходец оттуда», человек, чьё родовое гнездо когда-то находилось в таком месте.

Слово «подлипье» в диалектах имело и конкретный ботанический смысл: так называли низкорослый липовый лес, молодую поросль липы на сырых низинах. Если предок получил прозвище Подлипьян, это могло означать, что он жил именно в такой сырой, заросшей липой низине. В отличие от фамилий Подлипский или Подлипкин, которые тоже встречаются, форма на «-ян» звучит архаичнее и сильнее привязана к конкретному говору — скорее всего, к западным или южным областям России.

В писцовых книгах и ревизских сказках фамилия не зафиксирована широко, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она возникла в среде крестьян или однодворцев, которые селились на свободных землях у лесных опушек. Сословный состав носителей был однородным: это не дворянская фамилия, а народная, «географическая», без польского или немецкого следа. Если искать однокоренные аналоги, то ближе всего стоят фамилии Подлипкин, Подлипский, Подлипняк — все они восходят к одному и тому же образу: человек из-под лип.