Фамилия Подлубочнов — один из тех редких случаев, когда основа слова сохранила почти в неприкосновенности древнее прозвище, связанное с местом или укрытием. В её основе лежит прилагательное «подлубочный», то есть находящийся «под лубом». Луб — это внутренняя, волокнистая часть коры дерева (липы, вяза), которую в старину широко использовали: из неё драли мочало, плели лапти, короба, делали кровлю. Прозвище Подлубок или Подлубочный мог получить человек, живший в лесу, под пологом из лубьев, либо ремесленник, работавший с этим материалом — например, лубочник, который изготавливал короба или лубочные картинки.

Суффикс -ов- в конце фамилии указывает на стандартную русскую патронимическую модель XIX века: Подлубочнов буквально означает «сын Подлубочного» или «из семьи Подлубочных». Встречающийся здесь переход «к» в «ч» (Подлубок → Подлубочнов) — результат типичного для русского языка чередования согласных при образовании притяжательных прилагательных: «чей?» — Подлубочный, а фамилия закрепилась в форме с «ч».

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным регионам России, где луб был привычным подручным материалом. Встречается она нечасто, что делает её ценной для генеалогического поиска: в дореволюционных переписях носители, скорее всего, были крестьянами или лесными промысловиками. Никакого отношения к «подлубью» (нижняя часть дупла) или «лубу» в значении «гроб» (от «луб» — доска) фамилия не имеет — это более поздние народные переосмысления.

Примечательна и словообразовательная редкость: модель с суффиксом -очн- в основе (Подлубочнов) встречается гораздо реже, чем простые -ов или -ин. Это добавляет фамилии архаичный, «ремесленный» оттенок — словно она вышла из лесной избы, где пахло свежим лубом и смолой.