Фамилия Подмосковная — редкий случай, когда географическое название стало фамилией напрямую, почти без изменений. Чаще всего такие фамилии образовывались от названий деревень или сёл с помощью суффикса -ский (Подмосковский), но здесь мы видим полную форму прилагательного женского рода. Это сразу наводит на мысль, что перед нами не типичная «родовая» фамилия, а скорее прозвище или фамилия, данная по месту жительства.

Наиболее вероятное происхождение — от прозвища человека, который жил в Подмосковье, но переехал в другой регион. В русской традиции переселенцев часто называли по прежнему месту жительства: «Вот приехал наш подмосковный». Со временем это прозвище закрепилось за семьёй, а суффикс -ая указывает на то, что фамилия была оформлена по модели прилагательного, что характерно для южнорусских и украинских говоров (сравните: Кубанская, Донская). В северных и центральных областях России предпочли бы форму Подмосковнов или Подмосковский.

Есть и другая версия, более редкая: фамилия могла возникнуть от женского прозвища. Если женщину звали Подмосковная (например, «она из-под Москвы»), то её дети и муж могли получить фамилию по ней. Это необычно, но в крестьянской среде, где фамилии часто были неофициальными и передавались через мать, такое возможно.

В официальных документах XIX века фамилия почти не встречается. Это говорит о том, что она либо локальна (бытовала в одной-двух губерниях), либо появилась поздно, уже после отмены крепостного права, когда крестьяне сами выбирали себе фамилии при переписях. В таком случае человек мог назваться просто по месту рождения или жительства, не задумываясь о суффиксах.

С точки зрения словообразования, фамилия прозрачна: основа «подмосковн-» (от «под Москвой») и окончание -ая. Суффикса -н- в данном случае не является фамильным, а входит в состав прилагательного. Поэтому фамилия Подмосковная — это чистое географическое указание, без ремесла или личного имени за спиной.