Фамилия Подофа — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет ни типичного русского суффикса -ов, ни -ин, что сразу наводит на мысль: перед нами не исконно русская фамилия, а скорее адаптированная иноязычная, либо изменённая в процессе бытования.

Наиболее вероятная версия связывает Подофа с греческой фамилией Подопулос (Ποδόπουλος). В греческом языке «подо» (πόδι) означает «нога», а суффикс -пулос — «сын». Таким образом, Подопулос — «сын человека с ногой», то есть, вероятно, прозвище хромого, быстроногого или того, кто отличался походкой. При переселении греков на территорию Российской империи (особенно в Причерноморье и Крым) фамилия могла подвергнуться усечению: окончание -пулос отпало, и осталась основа Подо-, к которой прибавилось русское -фа, осмысленное как часть фамилии. Подофа — это, по сути, обрусевший вариант греческой модели.

Второй, менее убедительный вариант — отчество от прозвища Подофей, которое могло быть народной формой канонического имени Дорофей (от греческого «дар Бога»). Сокращение «Подо» вместо «Доро» встречается в диалектах, но такое объяснение требует допущения, что фамилия прошла через стадию Подофьев, а затем потеряла суффикс — что маловероятно для русского ономастикона.

Географически фамилия Подофа встречается крайне редко, в основном в южных регионах России и на Украине, что косвенно подтверждает греческую версию: именно там исторически селились греческие переселенцы.

Социальный контекст прост: носитель фамилии, скорее всего, потомок мелкого торговца, ремесленника или крестьянина греческого происхождения, чью фамилию при записи в метрические книги упростили до неузнаваемости.