Фамилия Подсизерцев — один из тех редких случаев, где прозвище-основа сохранилась почти без искажений, хотя и требует небольшой расшифровки. В её основе лежит глагол «подсидеть» или существительное «подсидчик» (тот, кто подсиживает). В старину «подсидеть» означало не только «выследить и поймать» (например, зверя или птицу), но и «выжить с места, занять чужое положение хитростью». Именно второе значение — самое вероятное для прозвища Подсида, Подсид или Подсизер. Так могли назвать человека ловкого, изворотливого, умеющего ждать своего часа, или, наоборот, того, кто сам стал жертвой интриги.

Суффикс -ев в окончании указывает на стандартную патронимическую модель: Подсизерцев буквально значит «сын Подсизера». Форма на -ер (от глагольной основы с суффиксом -ер) встречается в русских фамилиях реже, чем на -ец или -ик, но не уникальна: ср. Подшивалов и Подшиваев, Подкопайлов и т.д. По сути, Подсизер — это тот же «подсидчик», но в более книжной или диалектной огласовке.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям и Поволжью, где активнее использовались прозвища с оттенком «хитрость, уловка». В документах XVII–XVIII веков встречаются однокоренные «Подсидкин», «Подсидов», что подтверждает бытование корня. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам — прозвища такого типа редко давали дворянам, предпочитавшим фамилии по географическим названиям или именам святых.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Подсизерцев — не описка и не искажение «Подсидчикова». Форма на -ер могла возникнуть под влиянием диалектного произношения (где «д» перед «е» смягчалось до «з») или как результат переосмысления: «подсиживать» → «подсизеть» (стать сизым, то есть незаметным). Вторая версия менее правдоподобна, но полностью исключать её нельзя — в народной этимологии фамилии нередко перекраивались под понятные слова.