Фамилия Подустенко звучит на слух как украинская, и это первое, что бросается в глаза: суффикс -енко (с ударением на последний слог) — классический патронимический показатель, характерный для восточной и центральной Украины. В XVII–XVIII веках такие фамилии закрепились за казаками и мещанами, указывая на происхождение от отца: Подустенко — буквально «сын Подусты» или «маленький Подуста».

Основа фамилии — слово «подуст». В украинских говорах так называли рыбу из семейства карповых, известную также как сырть или рыбец. Но связь с рыбой здесь, скорее всего, не прямая. Прозвище Подуст могли дать человеку за внешность или повадки: например, за узкое лицо, вытянутый нос, или за манеру быстро ускользать, «проскальзывать», как рыба. Реже встречается версия, что это прозвище досталось человеку, который жил на реке, где водился подуст, или торговал им.

Менее правдоподобна, но всё же возможна гипотеза, что Подуст — это переосмысленная форма от имени Подуст (как вариант крестильного имени Иуст или Феодул), где корень «дуст» исказился в народном произношении. Однако никаких документальных подтверждений этому нет, а рыбацкая версия выглядит естественнее для бытовой ономастики.

В современной России фамилия встречается редко, в основном на юге — в Краснодарском крае, Ростовской области и в Крыму, что совпадает с зоной расселения украинских переселенцев XIX века. В украинских архивах Подустенко фиксируется с конца XVIII века преимущественно в Полтавской и Черниговской губерниях. Если ваш предок носил эту фамилию, то с высокой долей вероятности он был выходцем из казацкой или крестьянской среды Левобережной Украины.