Фамилия Подустова образована от прозвища или мирского имени Подуст. Чаще всего в основе таких фамилий лежит название рыбы подуст — распространённой в реках Европейской России и Причерноморья. Подуст — рыба семейства карповых, известная тем, что держится на быстром течении и питается обрастаниями на камнях. Прозвище Подуст могли дать рыболову, торговцу рыбой или человеку, чем-то напоминавшему эту рыбу — например, юркому, подвижному, предпочитающему прохладную воду.

Вторая, менее очевидная версия отсылает к диалектному глаголу «подустить» — подговорить, подстрекнуть, подбить на что-то. В этом случае Подустом называли человека, который умел убеждать, склонять других к своему мнению, возможно — зачинщика или подстрекателя. Однако первая версия, «рыбная», встречается в ономастической литературе чаще и считается основной, поскольку прозвища по названиям рыб — один из продуктивных источников русских фамилий (ср. Ершов, Карасёв, Щукин).

Суффикс -ов указывает на типичную модель русских фамилий, означающую принадлежность: Подустов — сын Подуста. Женская форма Подустова сохраняет ту же основу. Фамилия редкая, не входит в число широко распространённых, что говорит о локальном происхождении — скорее всего, в одном из регионов, где водится подуст (южные области России, Поволжье, Дон).

Встречаются также однокоренные фамилии Подустов, Подуст, Подусткин, но Подустова — самая грамматически стандартная форма, которая могла возникнуть в центральных губерниях. Известных носителей с этой фамилией, оставивших заметный след в истории, нет — фамилия остаётся бытовой, крестьянской или мещанской по происхождению, без связи с дворянством.