Фамилия Подусенко образована по распространенной на украинских землях модели «прозвище + патронимический суффикс -енко». Буквально она означает «сын Подуса». Такие фамилии закрепились в качестве наследственных в XVI–XVII веках, когда прозвище отца переходило к детям уже как родовое имя. Вопрос лишь в том, что стояло за самим прозвищем Подус, и здесь единого мнения нет.

Самая вероятная версия связывает прозвище с речной рыбой подустом из семейства карповых. В этом случае предок носителей фамилии мог быть рыбаком или жить у реки, где эта рыба водилась в изобилии. Прозвища по названиям рыб были обычным делом: так появлялись Караси, Окуни, Ершовы. Подус звучало естественно и запоминалось.

Вторая гипотеза отталкивается от слова «под» — горизонтальной поверхности в печной топке, на которую кладут топливо. Если принять эту версию, то Подусом могли прозвать печника, мастера по кладке печей. Ремесленные прозвища тоже часто становились основами фамилий, так что исключать такой поворот нельзя, хотя он кажется менее очевидным: связь между «подом» и прозвищем человека прослеживается слабее, чем с рыбой.

Третья версия уводит в румынские корни: там слово pod означает «мост». Тогда Подусом называли человека, жившего возле моста или участвовавшего в его строительстве. Эта гипотеза имеет право на существование, особенно учитывая близость украинских земель к румыноязычному миру, но она требует допущения о заимствовании, которое сложно подтвердить.

Прозвище Подус со временем вытеснило исходное крестильное имя предка и в повседневной жизни, и в документах. Суффикс -енко в фамилии указывает на принадлежность к роду: Подусенко — это буквально «тот, кто из рода Подуса». Такая форма типична для Левобережной Украины, где подобные фамилии встречаются особенно часто.