Фамилия Подуст образована от прозвища, и у этого прозвища две версии происхождения. Первая, самая прямая, отсылает к речной рыбе семейства карповых, которую так и называют — подуст. Прозвища по названиям рыб давали людям за сходство характера, внешности или поведения, иногда с иронией. Вторая гипотеза ведет к глаголу «подустить», который В. Даль толкует как «наставлять, подучать». Тогда прозвище Подуст получал человек мудрый, сведущий, к которому шли за советом и наставлением.

Какая версия правдоподобнее? Для прозвищ, ставших фамилиями, рыбья тема встречается часто: Карась, Окунев, Ершов. Но глагольная основа с суффиксом -уст- тоже не редкость. Возможно, прозвище соединяло оба смысла: так могли назвать и ловкого, юркого, как рыба, человека, и того, кто любил «подущать», то есть подсказывать и направлять.

Сама фамилия построена по простой модели: прозвище Подуст без дополнительного суффикса перешло в фамилию. Такое случалось, когда прозвище звучало как готовое слово и не требовало оформления. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с подобными «рыбными» прозвищами, но конкретных известных носителей фамилии Подуст в истории немного, и это скорее редкая, локальная фамилия.

В написании фамилия устойчива: ударение падает на второй слог, на «у». Родственные фамилии — Подустов, Подусткин — образованы уже через суффиксы притяжательности, а сама форма Подуст осталась в исходном виде, что говорит о её древности и простоте народного словообразования.