Фамилия Подякон — редкий пример, где основа прямо указывает на церковную должность. В основе лежит слово «подьякон» (или «иподьякон») — низший чин священнослужителя, помощник диакона. В дореволюционной России подьяконы участвовали в богослужении, прислуживали архиерею, но не имели права самостоятельно совершать таинства. Фамилию могли дать либо самому подьякону, либо его сыну, либо человеку, который долго служил при церкви в этой должности.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ов (в безударной позиции часто редуцировался до -ев, но здесь сохранился как -он) указывает на принадлежность: «Подякон» — сокращённая форма от «Подьяконов» или «Подьяконский». В русской ономастике такие «усечённые» фамилии встречаются редко, и Подякон стоит в одном ряду с Дьякон, Пономарь, Протопопов — все они выводят прозвище или должность отца напрямую, без типичного суффикса -ов/-ев.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским землям, где форма «подякон» (через «о») была распространена в устной речи. В северных говорах чаще говорили «подьякон», и фамилия писалась бы как Подьяконов. Разница в написании — не ошибка, а диалектная черта, закрепившаяся в документах.

Если верить словарю Веселовского, «подьякон» как прозвище фиксируется в XV–XVI веках, но сама фамилия могла оформиться позже, в XVII–XVIII веках, когда церковнослужители начали массово получать фамилии по должности. Социальный статус носителя был невысок: подьяконы не входили в высшее духовенство, но и не считались крестьянами — это была прослойка «церковных людей», часто грамотных, но бедных.

В современной России фамилия Подякон встречается единично, в основном в Ростовской области и Краснодарском крае. Носители, скорее всего, потомки тех самых подьяконов, которые после секуляризации церковных земель в XVIII веке перешли в мещанское или крестьянское сословие, сохранив в фамилии память о служении.