Фамилия Подъяконов — одна из тех, что рассказывает о церковной иерархии, но не с парадной, а с рабочей стороны. Её основа — слово «подъякон» (или «подьякон»), то есть помощник диакона, низший чин церковнослужителя. В дореволюционной России подъякон прислуживал во время литургии, подавал кадило, помогал облачаться — должность невысокая, но грамотная и уважаемая, особенно в сельских приходах. От этого названия и образовали фамилию с типичным суффиксом -ов, означающим «сын подъякона» или «потомок того, кто был подъяконом».

Модель образования проста и прозрачна: основа «подъякон» плюс патронимический суффикс -ов. Интересно, что в старых документах фамилия могла писаться иначе — через «о»: Подьяконов, Подьяковов, а иногда и через «е»: Подъяконев. Все эти варианты восходят к одному корню, но написание «Подъяконов» закрепилось как литературная норма, возможно, под влиянием церковнославянской орфографии, где приставка «под» писалась с твёрдым знаком.

С точки зрения социального контекста, Подъяконовы — это потомки не священников, а именно церковнослужителей. Разница была существенной: священник имел право совершать таинства, а подъякон — нет. В сословной системе Российской империи дети подъяконов часто оставались в духовном звании, но могли уйти и в мещанство или крестьянство. Поэтому фамилия встречается не только в среде духовенства, но и среди простых людей, чьи предки когда-то служили в церкви.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России — Вологодской, Костромской, Ярославской. В этих краях приходы были многочисленны, и должность подъякона была востребована. В южных и сибирских областях фамилия встречается реже, что косвенно указывает на её «северное» происхождение.

В ономастических справочниках, в частности у Б. Унбегауна, фамилия Подъяконов не выделяется как редкая, но и не входит в число массовых. Она стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Дьяконов, Пономарёв, Протодьяконов — все они образованы от церковных чинов. Однако если Дьяконов и Пономарёв распространены повсеместно, то Подъяконов сохраняет оттенок «местной» фамилии, привязанной к определённому региону и социальной нише.