Фамилия Подзигунов — редкий случай, когда морфология сразу указывает на географический источник. Суффикс -ов принадлежит к самой массовой модели русских фамилий, а вот основа «Подзигун» почти нигде не встречается, кроме как в южнорусских и украинских говорах. Скорее всего, в основе лежит слово «дзига» — так в ряде областей называли волчок, игрушку, которая крутится, а также непоседливого, вертлявого человека. Приставка «под-» могла означать «находящийся под» или «несколько похожий на»: Подзигун — это либо «тот, кто крутится под ногами», либо человек с прозвищем, производным от «дзиги».

Есть и вторая, более прозаичная версия. В украинском языке «дзига» — это ещё и название инструмента для сверления (коловорот). Тогда Подзигуном могли прозвать мастера, который работал таким инструментом, или помощника мастера, «поддзигу» — того, кто подавал или держал сверло. В любом случае, фамилия явно восходит к прозвищу, а не к крестильному имени, и указывает на характер или ремесло предка.

Фамилия Подзигунов — редкая, в дореволюционных переписях она почти не фиксируется, что говорит либо о её позднем закреплении, либо о бытовании в узком локальном кругу. Основной ареал, по косвенным данным, — юг России и восток Украины. Интересно, что фамилия не имеет вариантов с суффиксом -ин, хотя основа на -а (Подзигуна) теоретически могла бы дать и такую форму. Выбор в пользу -ов указывает, что прозвище воспринималось как мужское на согласный, то есть «Подзигун», а не «Подзигуна».

Таким образом, носитель фамилии Подзигунов, скорее всего, потомок человека с юга или юго-востока, которого в округе знали как вертлявого, суетливого парня либо как умельца, работавшего со сверлом. Никаких знаменитых дворянских родов с этой фамилией не известно — это типичная крестьянская или мещанская фамилия, образованная от живого прозвища.