Фамилия Поканинова — редкий пример, где географический и социальный контекст важнее, чем прозрачная этимология. Она образована от мужской формы Поканинов, а та, в свою очередь, — от прозвища или неканонического имени Поканий. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Покания» или «человек из семьи Поканиных». В русских фамилиях на -ин обычно стоят основы на -а, -я, и здесь это правило соблюдено.

Корень «покан-» не встречается в общеупотребительной лексике. Самое правдоподобное объяснение — связь с диалектным словом «поканивать» или «поканиться», которое в северных и сибирских говорах означало «каяться», «просить прощения», а иногда и «скулить, жаловаться». Человек по прозвищу Поканий мог получить его за привычку постоянно оправдываться, каяться или за плаксивый нрав. В ономастике такие «покаянные» прозвища встречаются, хоть и редко: например, фамилия Каянов (от «каяться») имеет схожую семантику.

Менее вероятна, но допустима версия о связи с коми-пермяцким или удмуртским словом «покан» — «котёл» или «чугунок». В этом случае прозвище Поканий могло относиться к котельщику, литейщику или человеку, торговавшему котлами. Однако для коми-пермяцких фамилий типичнее суффиксы -ов/-ев, а не -ин, и основа «покан» в них не зафиксирована. Версия с «каянием» надёжнее хотя бы потому, что суффикс -ин в ней органичен для русского словообразования.

Географически фамилия Поканинова тяготеет к Уралу и Западной Сибири — регионам, где пересекались русские старожилы и финно-угорские народы. Встречается она редко, и в дореволюционных источниках почти не упоминается, что говорит о её позднем закреплении — скорее всего, у крестьян или мещан, чьи фамилии оформились в XIX веке. Аристократического прошлого у неё нет: в дворянских родословных книгах Поканиновы не числятся.

Таким образом, носитель фамилии Поканинова может смотреть в сторону двух корней: либо его предок был известен покаянным нравом, либо (с меньшей вероятностью) имел дело с котлами. Первая версия психологически точнее: прозвища за ужимки и манеру речи давали чаще, чем за профессию, если профессия не была уникальной.