Фамилия Покашкин образована по модели, которая широко представлена в ономастике восточных, западных и южных славян: от личного прозвища или имени, христианского или языческого, с помощью патронимического суффикса -ин. Этот суффикс в русских фамилиях указывает на принадлежность: Покашкин буквально значит «сын Покашки».

Основа фамилии — прозвище или нецерковное имя Покашка. Это уменьшительная форма, которая могла возникнуть от разных корней. Самая вероятная версия связывает её с глаголом «покашливать» или существительным «кашель»: так могли прозвать человека с хриплым голосом, либо того, кто часто кашлял. Прозвища по физическим особенностям и манере поведения — один из древнейших пластов славянских именований, поэтому такая трактовка выглядит наиболее естественной.

Менее убедительна, но возможна связь с диалектными словами. В некоторых говорах «покашка» или близкие формы означали что-то мелкое, крошечное, либо относились к действию «покашивать» — слегка косить. В таком случае прозвище могло закрепиться за крестьянином, чья работа была связана с покосом, или за человеком небольшого роста. Спорные версии стоит оставить на втором плане: в народной среде прозвища чаще отражали внешность или поведение, а не род занятий, если только речь не шла о мастере-ремесленнике.

Сама фамилия Покашкин — относительно редкая, она не входит в число распространённых русских фамилий. Это говорит о том, что её носители, скорее всего, происходят из одной локальной местности, где прозвище Покашка бытовало в отдельной семье или небольшой общине. Подобные фамилии ценны для генеалогии: они точнее указывают на конкретный род, чем массовые Ивановы или Кузнецовы.

В написании фамилии обращает на себя внимание сочетание «шк». Оно характерно для уменьшительных форм, которые в северных и центральных русских говорах могли звучать как Покашка, тогда как в южных диалектах чаще встречалось бы Покаська или Покаска. Таким образом, фамилия Покашкин может косвенно указывать на географию предков — вероятно, это были выходцы из северной или средней полосы России.