Фамилия Покойникова — один из тех случаев, когда звучание пугает, а происхождение оказывается прозаичным и даже будничным. Основа здесь — слово «покойник», но не в сегодняшнем мрачном смысле, а в старом, церковнославянском значении: «усопший», «тот, кто почил» (от «покой»). Прямого отношения к смерти в бытовом понимании фамилия не имеет — это типичное «охранительное» имя, которое в дохристианской и раннехристианской традиции давали, чтобы обмануть злых духов: назовёшь ребёнка Покойником — никто не позарится, будет жить долго. Такая же логика работала с именами Некрас, Нелюб, Дурак.

Суффикс -ов- указывает на стандартную русскую патронимическую модель: Покойников — сын Покойника. То есть предок носителя фамилии носил неканоническое личное имя Покойник. В документах XVI–XVII веков такие имена встречаются: в переписных книгах Новгородской и Вологодской земель фиксировались крестьяне Покойник, Покойничко, Покойнище. Чаще всего это были прозвища, данные либо по обстоятельствам рождения (ребёнок родился в семье после смерти кого-то из родственников), либо по характеру — тихому, спокойному, «неживому» нраву.

Интересная деталь: в некоторых говорах Русского Севера «покойником» называли не только умершего, но и крайне медлительного, вялого человека. Поэтому в архангельских и вологодских писцовых книгах встречаются прозвища Покойник применительно к живым людям — без всякой мистики, просто за нерасторопность. Фамилия Покойникова, таким образом, могла закрепиться за потомками такого человека.

В отличие от похожих фамилий (Мертвово, Умершего), которые встречаются редко и часто имеют искусственное, семинарское происхождение, Покойникова — коренная крестьянская фамилия. Она бытует в основном в центральных и северных областях России, особенно в Ивановской, Костромской и Вологодской. В дворянских родословных книгах она не значится — это фамилия простых людей, чьё прозвище со временем утратило первоначальный оттенок и стало фамильным знаком.