Фамилия Покойненко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII–XVIII веках массово вытесняла более старые фамильные формы на западе и юге Российской империи. Суффикс -енко в украинской ономастике традиционно означал «сын», «потомок» или «ученик», поэтому Покойненко буквально — «сын Покойного». Но здесь кроется ловушка: прозвище Покойный могло быть дано не только мертвецу или человеку с траурным характером.

В славянской традиции «покойный» часто означало не умершего, а спокойного, медлительного, флегматичного человека — того, кто не суетится, «покоен» в движениях и решениях. В говорах юга России и Украины слово «покойный» могло относиться к человеку, который любит покой, избегает ссор, работает размеренно. Поэтому первая и самая вероятная версия: основатель рода получил прозвище за свой уравновешенный нрав.

Есть и вторая, более редкая гипотеза. В некоторых регионах «покойником» в шутку называли очень худого, бледного или тихого человека — почти как «живой мертвец». Но эта версия слабее: такие прозвища обычно закреплялись в форме Покойник, а не Покойный, и фамилии от них образовывались через суффикс -ов (Покойников). Покойненко же явно от прилагательного «покойный», а не от существительного.

Интересно, что фамилия Покойненко почти не встречается в центральных и восточных областях Украины — её ареал смещён к югу, в сторону Запорожья и бывших земель Войска Запорожского. Это наводит на мысль, что фамилия могла закрепиться в казацкой среде, где прозвища часто давались по характеру или поведению в бою — «покойный» казак, который не лез в драку без нужды, ценился как надёжный и хладнокровный товарищ.

В русских метрических книгах фамилия фиксируется с середины XIX века, преимущественно в Херсонской и Екатеринославской губерниях. Встречаются варианты написания Покойненко и Покойненко — с двойным «н» или одним, что объясняется неустойчивой орфографией в документах того времени. Сословно носители фамилии были в основном крестьянами и мещанами, реже — казаками.

Если коротко: Покойненко — украинская фамилия, образованная от прозвища Покойный, которое скорее всего указывало на спокойный, уравновешенный характер предка, а не на его смерть.