Фамилия Полипонцев — редкая и морфологически прозрачная. Её основа — слово «полипон», которое в русском языке имеет два значения: зоологическое (морской полип, коралл) и медицинское (доброкачественное образование на слизистой). Чтобы понять, какое из них легло в основу фамилии, нужно посмотреть на суффикс.

Модель образования — «Полипон» + суффикс -ец (указывает на принадлежность к чему-либо или жителя местности) + окончание -ев (притяжательный суффикс, указывающий на родство). Получается цепочка: Полипон → Полипонец (человек, связанный с полипом) → Полипонцев (сын Полипонца). Фамилия явно сформировалась не от прямого прозвища «Полипон», а от более сложного прозвища «Полипонец» — того, кого называли полипом, или того, кто имел отношение к полипам.

Медицинская версия правдоподобнее. Если бы речь шла о морском полипе, прозвище звучало бы иначе — скорее «Полип» или «Полипов». А вот «Полипонец» в народной речи могло означать человека с заметной бородавкой, наростом на лице или теле — то, что в быту называли «полипом». Такие прозвища давали по внешним приметам, и они нередко переходили в фамилии без всякой медицинской подоплёки — просто как меткая характеристика.

Географически фамилия почти не встречается в центральных областях России. Её единичные носители фиксируются в Поволжье и на Южном Урале — регионах, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центра. Возможно, прозвище «Полипонец» было диалектным или даже местным — например, в некоторых говорах так могли называть человека с «полипом» на носу или щеке. В любом случае, фамилия образована по живой модели (суффикс -ец + -ев), что говорит о её позднем происхождении — не раньше XVII века.

В словарях русских фамилий Полипонцев не упоминается, что подтверждает её редкость. По сравнению с однокоренными — Полипов, Полипьев — эта форма стоит особняком: она не отсылает напрямую к зоологии или медицине, а указывает на конкретного человека по его внешней особенности.