Фамилия Полипонов — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Если не копать, на ум приходит что-то медицинское (полип), но в русских фамилиях редко встречаются прямые заимствования из латыни через врачебную лексику. Скорее всего, перед нами искажённая или переосмысленная форма другой фамилии.

Наиболее вероятная версия: Полипонов — это вариант фамилии Поливанов. В русских говорах, особенно в южнорусских и среднерусских, звук «в» перед гласным мог переходить в «п» или выпадать, а «а» редуцироваться до «о». Поливанов, в свою очередь, происходит от прозвища Поливан — так называли человека, который поливает, то есть либо водоноса, либо садовника, либо работника при поливке (например, на мельнице или в огороде). Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Поливана». Если же фамилия писалась через «о» в первом слоге (Полипонов), это могло закрепиться в документах из-за акающего произношения: «Паливан» звучало как «Поливан», а потом переосмыслилось в «Полипон» по созвучию с «полип».

Вторая, менее вероятная, но занимательная версия: от греческого имени Полип, которое встречалось в среде православного духовенства. Греческое «полипус» (πολύπους) означает «многоногий», но как личное имя использовалось редко. Если предок был священником или монахом, получившим в семинарии «калькированную» фамилию от греческого корня, то Полипонов могло означать «сын Полипа». Однако это экзотика: такие фамилии обычно оканчивались на -ский (Полиповский), а не на -ов.

Географически фамилия Полипонов встречается крайне редко, в основном в центральной России и Поволжье. В дореволюционных переписях её почти нет — возможно, это поздняя метрическая ошибка или единичный случай переосмысления. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или мещанской среды: прозвище Поливан было бытовым, недворянским. Если ваши предки — Полипоновы, стоит проверить архивные записи на вариант Поливанов: там может быть больше зацепок.