Фамилия Полуяхтов восходит к каноническому мужскому имени Полиевкт, которое в переводе с греческого означает «долгожданный». В русских говорах это имя претерпело значительные изменения: среди его разговорных форм были Полиэкт, Полуэкт, Полуякт, Полуяхт. Последняя и послужила основой при образовании фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Полуяхт, со временем получил фамилию Полуяхтов.