Фамилия Полуяхтов — это классический пример того, как церковное имя в народной речи обрастало новыми формами, а затем закреплялось в фамилии. В её основе лежит каноническое мужское имя Полиевкт, которое в переводе с греческого означает «долгожданный». В русских говорах это имя претерпело значительные изменения: среди его разговорных форм были Полиэкт, Полуэкт, Полуякт и, наконец, Полуяхт. Именно последняя форма, самая далёкая от книжного оригинала, и послужила основой для фамилии.

Модель образования проста и типична для русской ономастики: суффикс -ов присоединялся к имени отца, отвечая на вопрос «чей сын?». Так, потомок человека по имени Полуяхт становился Полуяхтовым. Схожая цепочка превращений — с усечением и упрощением труднопроизносимого греческого сочетания — дала жизнь и другим фамилиям: Полуэктов, Полуянов, а где-то и Полуяхтов с тем же корнем, но иным написанием.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, и в разных регионах он шёл с разной скоростью. Однако сам факт, что имя Полиевкт в народной среде дожило до формы «Полуяхт», говорит о живом бытовании этого имени среди крестьян и посадских людей, а не только в церковных святцах. Фамилия Полуяхтов — памятник не столько славянской письменности, сколько живой разговорной стихии, которая перекраивала византийские имена на свой лад, делая их привычными и удобными для повседневной речи.