Фамилия Полянкер образована от аналогичного прозвища, которое восходит к славянскому слову «полянка». Следует отметить, что суффикс -ер использовался при образовании топонимических прозвищ, то есть указывающих на место жительства человека. Следовательно, Полянкером могли называть того, кто жил на какой-либо полянке. Однако более вероятно, что в основе этой фамилии лежит название села или деревни Полянка, Полянки, каких немало на территории России, Украины и Белоруссии. Так, основатель рода Полянкер мог быть выходцем из села Полянка, которое находится в Барановском районе Житомирской области Украины.