Фамилия Полыгушина — женская форма, мужской вариант — Полыгушин. Она образована по самой распространённой в русской ономастике модели: от прозвища или нецерковного имени с помощью суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — сын Полыгуши). Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от основ на -а, -я.

Корень фамилии — «полыг-», который сразу наводит на мысль о глаголе «полыгать». В русских говорах «полыгать» означало «лгать, обманывать, говорить неправду». Соответственно, прозвище Полыга (или Полыгуша) мог получить человек неискренний, склонный к хитрости и вранью. В старину такие прозвища давали не столько для оскорбления, сколько для точной характеристики — они работали как внутрисемейные или уличные клички, которые потом закреплялись за потомками.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «полыгать» в значении «шататься, слоняться без дела» (от «лыгать» — «шататься»). Тогда Полыга — это праздный человек, бродяга. Однако первое значение — «лгун» — встречается в говорах чаще и подтверждается однокоренными фамилиями: Полыгалов, Полыгаев, Полыгин. Фамилия Полыгушина — явно из того же гнезда, но с уменьшительно-ласкательным суффиксом -уш-: Полыгуша — это не просто «лгун», а скорее «лгунишка», «врунишка», что придаёт прозвищу чуть более бытовой, даже снисходительный оттенок.

Географически фамилия редкая. Её следы ведут в основном в южнорусские регионы и Поволжье, где сохранялись архаичные говоры с глаголом «полыгать». Встречается она и на Урале, куда фамилия могла попасть с переселенцами. В дворянских родословных книгах Полыгушины не значатся — фамилия явно крестьянская или мещанская, что типично для прозвищного происхождения.

Написание фамилии устойчивое, с буквой «ы» в корне, что закономерно после твёрдого согласного. Вариант «Полыгушина» не даёт повода для путаницы с омонимичными фамилиями — здесь всё прозрачно: основа, суффикс и окончание складываются в чёткую картину «потомок того, кого звали Полыгуша».