Фамилия Полыковская — женская форма от Полыковский, и её разумнее всего рассматривать в паре с мужским вариантом. Типичная польско-украинско-белорусская модель на -ский/-цкий, указывающая на дворянское или шляхетское происхождение, но в XIX веке такие фамилии массово получали и крестьяне при переходе на постоянные фамилии. Основа — Полык-, что сразу отсылает к личному имени или прозвищу Полык.

Самая прямая версия: Полык — это народная форма крестильного имени Ипполит. В польском языке имя Hipolit в бытовой речи сокращалось до Polik, а в восточнославянской среде давало формы Полык, Полыга. В этом случае предок Полыковского — сын или потомок человека по имени Полык, то есть Ипполита. Имя это на Руси встречалось редко, чаще у поляков и униатов, что косвенно подтверждает западное происхождение фамилии.

Есть и вторая версия, менее вероятная, но не лишённая логики: от прозвища Полык, связанного с глаголом «полоть» или «полынь». Прозвище могли дать крестьянину, занятому прополкой, или человеку, жившему у полынной пустоши. Но фамильный суффикс -ский тяготеет к топонимическим названиям, поэтому скорее всего Полыковские — выходцы из села или поместья с названием Полыково, Полыки или Полыков. Такие топонимы есть в западных областях России и на Украине (например, Полыки в бывшей Волынской губернии).

Географически фамилия Полыковский сегодня встречается преимущественно в западных регионах России, на Украине и в Беларуси. В польских метриках XVIII–XIX веков эта фамилия фиксируется в Подляшье и на Волыни. Сословно носители могли быть как мелкой шляхтой, так и однодворцами — потомками обедневших дворян, записанных в крестьянское сословие. Встречается и вариант написания Полыковская с ударением на втором слоге — это типично для южнорусского и украинского произношения.