Фамилия Понитайкина — женская форма фамилии Понитайкин, и чтобы понять её происхождение, нужно разобраться с мужским вариантом. Это довольно редкая фамилия, и её основа неочевидна на первый взгляд, что открывает простор для лингвистического анализа.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Понитайка, которое образовано от глагола «понимать» в его старом, диалектном значении. В некоторых говорах «понимать» означало не только «постигать умом», но и «брать, хватать, схватывать». Отсюда «понитайка» — человек, который всё быстро хватает, смекалистый, или, напротив, тот, кто «понимает» (берет) чужое, то есть хваткий, возможно, даже вороватый. Прозвища от глаголов с суффиксом -ай-ка — характерная русская модель (ср. Забывайка, Ломайка, Сторожайка). Они давались по поведению или привычке.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — сын или потомок Понитайки. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Менее вероятна, но возможна версия, что основа — не глагол, а топоним: в России есть несколько мелких речек и урочищ с названием Понитайка, но они, скорее всего, вторичны по отношению к прозвищу.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России (Воронежская, Ростовская, Тамбовская области), где диалектное слово «понимать» в значении «брать» было особенно распространено. Встречаются и варианты написания с одной «и» — Понитайкин, но форма с «и» после «т» более архаична и точнее передаёт произношение.

Таким образом, Понитайкины — потомки человека, которого в округе прозвали за его характер Понитайкой, то есть хватким и сметливым. Фамилия не дворянская, а крестьянская или мещанская, и её история — это история живого народного языка, который закрепил в фамилии яркую черту предка.